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先提供參考資料如下：

摘錄自　　營利事業所得稅查核準則　　

第 88 條　伙食費：(一) 一般營利事業列支標準：職工每人每月伙食費，包括加班誤餐費，最高以新臺幣一千八百元為限。

摘錄自　　2012/1/4-支付員工健康檢查費，可否列為公司營業費用 　　

第1類是公司依照勞工安全衛生法規，必須支付之健康檢查費用，公司可適用營利事業所得稅查核準則第71條第1款或第81條第5款及第8款規定，核實列報為薪資支出或「職工福利」項下的員工醫療費，這類健檢費用包含下列3項檢查費用：
1.雇主於僱用勞工時，應施行「體格檢查」。
2.對在職勞工應施行「定期健康檢查」。
3.對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行「特定項目之健康檢查」。

上述3項費用，除了第2、3項由公司依照勞工安全衛生法負擔之健康檢查費用，免視為勞工之薪資所得外，第1項公司於僱用員工時，對於員工應施行「體格檢查」所負擔之費用，屬於員工職務上取得之補助費，是員工的薪資所得，應於發放時依各類所得扣繳率標準扣繳稅款。

第2類的健康檢查費用則不是依照勞工安全衛生法規定者，而是員工由公司支領或給付之其他健康檢查費用，是屬於勞工職務上取得之補助費，應併計為員工的薪資所得，公司除可列為薪資支出外，並應注意於發放時依各類所得扣繳率標準辦理扣繳。

摘錄自  加值型及非加值型營業稅法施行細則 

第 38 條  本法第四章第一節規定計算稅額之營業人，依本法第三十五條規定，應檢

附之退抵稅款及其他有關文件如下：

一、載有營業稅額之統一發票扣抵聯。

二、載有營業稅額之海關代徵營業稅繳納證扣抵聯。

三、載有營業人統一編號之二聯式收銀機統一發票收執聯影本。

四、銷貨退回、進貨退出或折讓證明單及海關退還溢繳營業稅申報單。

五、第十一條規定適用零稅率應具備之文件。

六、第十四條規定之證明。

七、營業人購買舊乘人小汽車及機車進項憑證明細表。

八、載有買受人名稱、地址及統一編號之水、電、瓦斯等公用事業開立之收據扣抵聯。

九、營業人須與他人共同分攤之水、電、瓦斯等費用所支付之進項稅額，為水、電、瓦斯等憑證之影本及分攤費用稅額證明單。

十、員工出差取得運輸事業開立之火（汽）車、高鐵、船舶、飛機等收據或票根之影本。

十一、海關拍賣或變賣貨物填發之貨物清單扣抵聯；法院及法務部行政執行署所屬行政執行處拍賣或變賣貨物，由稽徵機關填發之營業稅繳款書扣抵聯。

十二、其他經財政部核定載有營業稅額之憑證或影本。

營業人以第一項第三款及第十款規定之憑證影本，作為退抵稅款證明文件

者，應按期彙總計算進項稅額，其計算公式如下：

  徵收率

進項稅額＝憑證總計金額  × ───────────

    1 ＋徵收率

前項進項稅額，尾數不滿通用貨幣一元者，按四捨五入計算。

再依上述佐證資料、問題解析說明如下：

伙食費或誤餐費、每月給付未超過1,800元、屬於員工免稅所得、若每月給付超過1,800元、超過部份屬員工應稅所得。所以申報薪資扣繳時、不需含免稅部份。直接列報伙食費、為公司支出的費用、所以不會因員工免稅所得、而使公司支出費用短少。

您所說的員工健檢、較屬於員工的補助款、應列入員工薪資計算。

若您所說的是二聯式收銀機發票、可於買受人在二聯式收銀機收執聯上蓋統一發票章、讓買受人扣抵營業稅。

以上說明資料、供您參考、希望有解答您的疑惑、歡迎點選下方超連結至部落格搜尋相關稅務問題說明。